この記事ではPLUMEDをMatlantisにinstallする方法について解説します。
2024年7月現在、MatlantisではLAMMPSとASE (=> 3.23)について、PLUMEDの連携が可能です。
LAMMPS用PLUMEDのinstall
LAMMPS用PLUMEDのinstallについては、Matlantis Package Launcher内 matlantis-lammpsのhow_to_use_plumed.ipynbを参考にセットアップしてください。
ASE用PLUMEDのinstall
- 最新のpfp-api-client, matlantis features, pfcc-extrasをインストールしてください。
- ASEのバージョンが3.23以上であることを確認してください。
- < 3.23の場合は、`pip install -U ase`を実行して3.23になっていることを確認してください。
- PLUMEDを以下の手順に従ってインストールしてください。
- githubから適したバージョンをダウンロードしてMatlantisにアップロード、解凍してください。https://github.com/plumed/plumed2/releases
弊社では2.9.0で動作確認を行なっております。 -
次のコマンドを実行してPLUMEDをコンパイルしてください。
!cd ../plumed-2.9.0/ && ./configure --disable-mpi --prefix=/home/jovyan/plumed_local && make && make install -
環境変数を設定してください。
!export LD_LIBRARY_PATH=/home/jovyan/plumed_local/lib:$LD_LIBRARY_PATH !export PATH=/home/jovyan/plumed_local/bin:/usr/local/bin:$PATH !export PKG_CONFIG_PATH=/home/jovyan/plumed_local/lib/pkgconfig:$PKG_CONFIG_PATH !export PLUMED_KERNEL=/home/jovyan/plumed_local/lib/libplumedKernel.so -
plumedをpip installしてください。
!pip install plumed==2.9.0
- githubから適したバージョンをダウンロードしてMatlantisにアップロード、解凍してください。https://github.com/plumed/plumed2/releases
これでセットアップは完了です。
ASEにてPLUMEDを使った計算を実行するには、実行するnotebookにて以下のように環境変数を設定いただくのと
import os
import sys
os.environ["PLUMED_KERNEL"]="/home/jovyan/plumed_local/lib/libplumedKernel.so"
os.environ["L"]="/home/jovyan/plumed_local/lib/libplumedKernel.so"
os.environ["PLUMED_TYPESAFE_IGNORE"]="yes"
sys.path.append('/home/jovyan/plumed_local/')aseのplumed calculatorのimport
from ase.calculators.plumed import Plumedを実行いただく必要があります。