PLUMEDのinstall方法 – Matlantis株式会社

この記事ではPLUMEDをMatlantisにinstallする方法について解説します。

2024年7月現在、MatlantisではLAMMPSとASE (=> 3.23)について、PLUMEDの連携が可能です。

LAMMPS用PLUMEDのinstall

LAMMPS用PLUMEDのinstallについては、Matlantis Package Launcher内 matlantis-lammpsのhow_to_use_plumed.ipynbを参考にセットアップしてください。

ASE用PLUMEDのinstall

最新のpfp-api-client, matlantis features, pfcc-extrasをインストールしてください。
ASEのバージョンが3.23以上であることを確認してください。
1. < 3.23の場合は、`pip install -U ase`を実行して3.23になっていることを確認してください。
PLUMEDを以下の手順に従ってインストールしてください。
1. githubから適したバージョンをダウンロードしてMatlantisにアップロード、解凍してください。https://github.com/plumed/plumed2/releases
  弊社では2.9.0で動作確認を行なっております。
2. 次のコマンドを実行してPLUMEDをコンパイルしてください。
```
!cd ../plumed-2.9.0/ && ./configure --disable-mpi --prefix=/home/jovyan/plumed_local && make && make install
```
3. 環境変数を設定してください。
```
!export LD_LIBRARY_PATH=/home/jovyan/plumed_local/lib:$LD_LIBRARY_PATH
!export PATH=/home/jovyan/plumed_local/bin:/usr/local/bin:$PATH
!export PKG_CONFIG_PATH=/home/jovyan/plumed_local/lib/pkgconfig:$PKG_CONFIG_PATH
!export PLUMED_KERNEL=/home/jovyan/plumed_local/lib/libplumedKernel.so
```
4. plumedをpip installしてください。
```
!pip install plumed==2.9.0
```

これでセットアップは完了です。

ASEにてPLUMEDを使った計算を実行するには、実行するnotebookにて以下のように環境変数を設定いただくのと

import os
import sys
os.environ["PLUMED_KERNEL"]="/home/jovyan/plumed_local/lib/libplumedKernel.so"
os.environ["L"]="/home/jovyan/plumed_local/lib/libplumedKernel.so"
os.environ["PLUMED_TYPESAFE_IGNORE"]="yes"
sys.path.append('/home/jovyan/plumed_local/')

aseのplumed calculatorのimport

from ase.calculators.plumed import Plumed

を実行いただく必要があります。

LAMMPS用PLUMEDのinstall

ASE用PLUMEDのinstall

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