Matlantis
Installation
Tutorial
- （管理者向け）Matlantis Dashboard 画面 > Users 【注意】この記事は古い情報を含みます
- ◆参考情報：Matlantis稼働状況
- ◆参考情報：ユーザの種類（Service Role と User Type）
- 0_（管理者向け）管理者の認証とユーザの登録
- 1_ユーザの認証
- 2_Matlantis Dashboard 画面
Reaction Pathway
Trouble shooting
- liquid_generator （torch版）が実行できない
- PFPによる計算の再現性について
- ターミナルでの文字化けの解消について
- SSH接続がPermission denied (publickey)で失敗する際のトラブルシューティング
- ASE 3.27 で NEB インポートエラー
- "Invalid input value is detected: coordinates (positions) contains infinite values"の原因と対処法
Tips
- AIエージェント連携機能のよくある問い合わせ
- 吸着構造探索のコツ
- Primitive unit cellとconventional unit cellの相互変換
- Jupyter Notebookの出力を外部ファイルに保存して軽量化する方法（contextlib / ASE）
- PFP descriptorsとShapley値を組み合わせた原子レベルでの予測の解釈
- ASEとmatlantis-featuresの使い分け
Modeling
Static Calculation
Molecular Dynamics
- OpenMMを用いたPFP/MMシミュレーション
- OpenMMからPFPを使ったシミュレーションを実行する
- PLUMEDにおける反応座標設定の実践ガイド
- メタダイナミクスのパラメータ設定のコツ
- FixAtomsを用いてNPT classを用いてNVTを実行した際に温度が設定より高くなる現象について
- ASEのNPT-MDにおけるNotImplementedError（convert_atoms_to_upper）