MD計算など長時間の計算時間が見込まれる場合は、バックグラウンドジョブを使った実行をお勧めします。この記事ではフォアグラウンド実行での挙動とバックグラウンド実行での便利な点、そして Tipsを紹介します。
フォアグラウンド実行
JupyterNotebook で セル を Shift+Enter や (Run the Cell and advanced)などで実行した場合、処理はフォアグラウンドで実行されます。
利点
フォアグラウンドでの実行では、処理に応じてインタラクティブな標準出力が表示されるため、エラーが起きないかなど実行中の様子をすぐに確認できます。
向いている処理
- 読み込んだ構造データの可視化
- 計算結果のグラフ化
- ステップ数や計算終了条件などを工夫してすぐに終わるように設定したMDなどの試し計算
通常実行中は 「Busy」 と表示されます。
欠点
フォアグラウンドでの実行は一定時間経過するなどで、カーネルとの接続が切断されると、出力が停止し、カーネルステータスが「Unknown」になります。
計算中の処理はエラーなどで停止しない限り継続されますが、見た目上計算中かどうか確認するのが困難になります。(MD計算などで、結果をログファイルなどに出力している場合、そのファイルのサイズが増えているかどうかで計算中かどうか確認できます)
バックグラウンドジョブ
Matlantis に搭載されたバックグラウンドジョブはから実行します。
使い方などの基本操作はこちらをご覧ください
利点
- バックグラウンド実行中やバックグラウンドジョブが完了したジョブ、エラー終了したジョブなどを画面上で確認できます。
- 画面上でファイル名をクリックすると File Browser 上でファイルが存在する場所を示します。
- 計算中のバックグラウンドジョブの停止(cancel)もできます。
- 計算の完了をメール通知で知ることができます(送信先メールアドレスの設定など詳しくはこちらをご参照ください)。
- 開いているノートブックファイルをコピーして別名として保存してから実行されるため、開いているノートブックファイルを誤って操作しつづけてしまったとしてもバックアップされていて安心です。
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待機中のジョブは待機順の入れ替えや Priority 設定の変更が可能です。
バックグラウンドジョブのTips
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同時に実行可能なバックグラウンドジョブ数(これを超えたジョブは待ち行列に入る)はユーザー自身で変更可能です(変更方法はこちらをご覧ください)。実行するジョブが使用するメモリがご自身のノートブックスペックを超えないように調整してください。
6(推奨、デフォルト)を超えると警告マークが表示されますが、設定は有効です。
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Re-run Interrupted jobs at startup が デフォルトで有効でした(2025/10以降無効になりましたが、以前の設定が残っている場合有効の場合があります)。これにより、バックグラウンドジョブ実行中になんらかのアクシデントなどで意図せずに Matlantis が再起動されてしまった場合、バックグラウンドジョブが再度実行されます。意図せずに停止したジョブは途中から再開されずに、最初から計算を開始するため、出力ファイル名に日時時刻などを使用するなど、結果が上書きされない工夫をすることをお勧めします。または、必要に応じて機能を無効化してください。(日付時刻を使用したフォルダ名生成はこちらの記事をご覧ください)