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Advance/NanoLabo からMatlantisを利用する

  • 更新

アドバンスソフト株式会社の Advance/NanoLabo の Jupyter Interface for NanoLabo （オプション）を利用して Matlantis を利用できます。（参照：機能連携に関するご案内）

ここでは、その設定方法や、NanoLabo と Matlantis 間でのファイル連携の方法などを紹介します。Advance/Nanolaboの公式マニュアルはこちらをご参照ください。

 

はじめに：

  1. NanoLabo 設定
  2. NanoLabo から Matlantis 環境を開く

使い方：

 

はじめに

1. NanoLabo 設定

1-1 設定画面を開く

左上 の ∨ マークからメニューを開き、Properties > Jupyter Lab を選択します。

 

 

1-2 Matlantisの接続設定

  • Matlantis / JupyterLab

    Matlantis を選択します。

  • Ask Type of Jupyter Lab / Don't Ask Type of J.L. 

    Matlantis を開くか、JupyterLab を開くか毎回確認するかを選択します。Matlantisを常に開く場合はDon't Ask Type of J.L を選びます。
     

  • On Premise / Matlantis 

    Matlantis タブを選び、以下を設定します。

    • URL 

      URL を入力します

      {subdomain} と {0123456789abcdef} はユーザー環境に依存します。

      形式は以下のようにノートブック環境のURLをコピーして /lab まで としてください。（補足）

      https://{subdomain}.matlantis.com/nb/{0123456789abcdef}/default/lab

    • Log-in 

      設定直後はクリックしてログインしてください。
      ※ Open Web Page to Log in to Matlantis の文字が赤い場合、URLが無効です。


       

    • Uploading Path

      Nanolabo で作成した構造を Matlantis へ読み込む際に構造ファイルがアップロードされるパスです。nanolabo とした場合、/home/jovyan/nanolabo 以下にアップロードされます。
       

    • Uploading File Type

      Nanolabo で作成した構造を Matlantis へ読み込む際の構造ファイルの拡張子です。

 

 

※補足：URLの取得

URL は ブラウザでMatlantisのノートブック環境を開いたときのものを取得します。（Dashboard画面のURLではありません）。URL の /lab 以降は不要です。

 

 

 

2. NanoLabo から Matlantis 環境を開く

以上で設定は完了です。設定完了後は、右上のMatlantisのロゴマークから アクセス可能です。

 

 

 

 

 

使い方

（NanoLabo → Matlantis）
Nanolabo で作成した構造をMatlantis で読込 

 

  1. 左下の ≡ メニューから JupyterLab をクリックします。



    クリックすると、Matlantisの画面に切り替わり、POSCAR形式で構造がアップロードされ、Atomsとして読み込み、nglviewとして描画するためのコードが表示されます。
    ※アップロード先は Properties > JupyterLab の Uploading Path で、構造ファイルの拡張子は Uploading File Type で設定でします



     
  2. 表示されたコードをコピーします。
    （copy code のアイコンでも、右下のCopy ボタンでも同じです）


     
  3. ノートブックの適切なセルにコードをペーストし、実行します。

 

 

（Matlantis → NanoLabo）
Matlantis で得られた構造をNanoLaboで表示 

  1. NanoLabo で表示したい構造を Matlantis で準備します。このとき、構造ファイルの形式は NanoLabo で対応する cif, xyz, POSCAR などとします。
    参考：NanoLabo で対応する構造ファイル形式
     

    例1: Atoms をPOSCAR形式で保存

    from ase.io import write
write('export.POSCAR', Atoms)

     

    例2: traj を xyz で保存（wrap も使用）

    traj = read("./output/fcc111_Al_3x4x6_vac10A_20O2_NVT-NoseHoover_300K.traj", index=':')
[atoms.wrap() for atoms in traj]
write('wrapped_traj.xyz', traj)


     

  2. Nanolabo 上のMatlantis で 構造ファイルを右クリックして Download を実行します。




     

  3. 表示された画面で Openをクリックします。




     

    すると、Nanolabo上で表示されます。

 

 

 

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