Matlantisでは、シミュレーションソフトウェアLAMMPSとの連携パッケージ（matlantis-lammps）をご提供しております。matlantis-lammpsをインストールいただくことで、PFPを力場とするLAMMPSでの計算が実行可能になります。ここでは、Matlantis環境にmatlantis-lammpsをインストールする方法を説明します（それぞれの図はクリックで拡大可能です）。
LAMMPS の使い方は公式マニュアルやその中に含まれるExample scriptをご参照ください。
- LAMMPSのマニュアル: https://docs.lammps.org/Intro.html
- Example script: https://docs.lammps.org/Examples.html
関連：matlantis-lammps インプット作成ルール
手順1. matlantis-lammpsのダウンロード
- インストール作業をしたいディレクトリで Open Package Launcher をクリック
- Package Launcher タブが開く
- Package Launcher タブ内 -> Experimental Packages -> matlantis-lammps -> v0.0.16 (記事作成時点での最新バージョン) の Copy zip file to the current directory をクリック
- ダウンロードが開始され、作業ディレクトリ内に"matlantis-lammps-v0.0.16.zip"が保存される
手順2. matlantis-lammpsのインストール
- 保存した"matlantis-lammps-v0.0.16.zip"を右クリックし、Extract Archive を選択する
- "matlantis-lammps-v0.0.16"が生成される
- "matlantis-lammps-v0.0.16"内に移動し、"how_to_use_lammps.ipynb"を開く
- （拡張機能としてPLUMEDを利用したい場合には、"how_to_use_plumed.ipynb"の方を開く）
- インストールしたいpython環境を選択した状態で、以下作業を行う
- Install LAMMPS with CMake 以下のセル実行、インストールを進める（インストールのログが出力される・十数分程度）
- （"how_to_use_plumed.ipynb"の方では、Install PLUMED および Install LAMMPS with additional package 以下のセル実行、インストールを進める）
手順3. matlantis-lammpsの実行テスト
- Run LAMMPS 以下のセルを実行
- （"how_to_use_plumed.ipynb"の方では、Run LAMMPS + PLUMED example 以下のセル実行）
- インストールがうまくいっていれば、サンプルインプットをLAMMPSの計算が開始され、のログがセルのアウトプットとして出力される
- 加えて、作業しているディレクトリにLAMMPS由来のファイル群が出力される（log.lammps, output.dataなど）
- ターミナル利用でのインストール、python module を有効化する場合のインストール方法については、ターミナル利用時の注意点 および Python module利用時の注意点 以下をご参照ください
関連記事