背景

特定の解析ツールを利用するため、通常の環境とは異なるPython環境が必要になることがあります。
その目的のため、venvの仮想環境を自作しNotebookにカーネルとして表示させるためのTipsです。

注意

Pythonプログラムに習熟しており、pip install, venvの挙動をご存知の方のみご参照ください。
手順を間違えた場合、matlantisのpython環境を初期化する必要が生じる可能性もあります。

また本手順で作成した仮想環境はDashboardからpython環境のリセットを実施した場合削除されます。

手順

ターミナルを起動し、以下3つのコマンドを順に実行してください。
この手順によりpy39-customという仮想環境が構築されます。
この環境は、Notebook上でPython 3.9 customという名前で表示されます。

1. 仮想環境の作成

/usr/local/pyenv/versions/python39/bin/python -m venv /home/jovyan/.py39-custom

2. Jupyter labへ表示させるための設定

mkdir -p /home/jovyan/.local/share/jupyter/kernels/py39-custom/

cat <<EOF > /home/jovyan/.local/share/jupyter/kernels/py39-custom/kernel.json
{
"argv": [
"/home/jovyan/.py39-custom/bin/python",
"-m",
"ipykernel_launcher",
"-f",
"{connection_file}"
],
"display_name": "Python 3.9 custom",
"language": "python",
"env": {
"PATH": "/home/jovyan/.py39-custom/bin:/usr/local/pyenv/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin",
"PYTHONPATH": "/home/jovyan/.py39-custom/lib/python3.9/site-packages:/usr/local/pyenv/versions/python39/lib/python3.9/site-packages",
"CPLUS_INCLUDE_PATH": "/usr/local/pyenv/versions/3.9.16/include/python3.9",
"LD_LIBRARY_PATH": "/usr/local/pyenv/versions/3.9.16/lib/",
"LIBRARY_PATH": "/usr/local/pyenv/versions/3.9.16/lib/"
}
}
EOF

3. Notebookでの利用

設定を反映させるため、既存のノートブックにおいては再読み込みを実施してください。

この操作ののち、Jupyter Notebookで利用可能になります。

4. terminalでの利用

ターミナル上で作成した仮想環境を利用する際は、以下のコマンドをご利用ください。

source ~/.py39-custom/bin/activate

操作手順の画像

異なるPythonバージョンでの実行

venvではpythonのバージョンを超えた環境構築ができないため、matlantisでご用意しているPythonバージョンでのみ実行可能です。

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