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nglviewのjavascript errorに関する対処

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概要

Matlantis 環境で nglview が動作せず、以下の画面が表示される現象が報告されています。この原因の一つに Python パッケージ (nglview) と Jupyter Lab 拡張機能 (nglview-js-widgets) のバージョンの不一致があります。

 

動作しない場合に表示される画面：

↓ click した後に表示されるエラー例

解決策

解決策1: 手動インストールしたnglview をアンインストールする

特に nglview のバージョンについてこだわりがない場合、すべての環境で手動インストールした nglview を削除し、Matlantisが提供するデフォルトの nglview をご利用いただくことが最良の解決策となります。

  1. すべてのカーネル(py39, py,311, py313など)でNotebookを立ち上げ nglview をアンインストールします。

    !pip uninstall nglview

    (※ py313, py311, py39 や、自身で作成した venv 環境など、すべてのカーネルで実行してください)

  2. いずれかのカーネルでNotebookを一つ立ち上げ、関連する labextensions を削除します。

    !rm -rf ~/.py39/share/jupyter/labextensions/nglview-js-widgets
!rm -rf ~/.py311/share/jupyter/labextensions/nglview-js-widgets
!rm -rf ~/.py313/share/jupyter/labextensions/nglview-js-widgets

    (※ その他、venvなどで作成した環境があれば、同様に削除)

  3. Matlantis の画面を更新します。(修正されなかった場合はMatlantisを再起動)
    デフォルトの nglview が利用されるようになり、エラーが解消されます。

解決策2: すべてのカーネルでnglviewのバージョンを統一する

手動で特定のバージョンの nglview をインストールする必要がある場合は、使用するすべてのカーネル（py313, py311, py39, venv環境など）において、全く同じバージョン の nglview をインストールしてください。

!pip install -U nglview==4.0.0

 

背景：発生メカニズム

 

1. パッケージ管理の分離

nglview は、Pythonライブラリ本体（site-packages にインストール）と、Jupyter Lab で表示するための JavaScript 拡張機能（labextensions/nglview-js-widgets、以下 widgets）の2つで構成されています。これらは別々に管理されます。

 

2. Matlantis環境の site-packages

Matlantis 環境には、site-packages が2種類存在します。

  1. 共通パッケージ (①): 全ユーザー共通。
    • /usr/local/pyenv/versions/3.13.8/envs/python313/lib/python3.13/site-packages/
    • デフォルトで nglview v4.0.0 がインストールされています。
  2. ユーザーパッケージ (②): ユーザーが個別にインストール。
    • /home/jovyan/.py313/lib/python3.13/site-packages/

手動で nglview をインストール（例: 旧 pfcc_extras 経由など）した場合、②に指定したバージョンが保存され、共通の①より優先されます。

 

3. widgets のバージョン依存性

widgets は nglview 本体とのバージョン依存性が非常に強く、バージョンが一致していないと正しく動作しません。

Jupyter Lab は起動時に 1種類 の widgets しか読み込めません（通常、py313 など優先度の高いカーネルのものが選ばれます）。

 

4. バグの発生

これらの仕様により、異なるカーネルで異なるバージョンの nglview が使用されている 場合に問題が発生します。

例えば、py313 カーネルでは手動インストールした nglview (②) を参照し、py311 カーネルではデフォルトの nglview (①) を参照しているとします。Jupyter Lab が py313 の widgets を読み込んだ場合、py311 カーネルで実行した際に nglview 本体と widgets のバージョンが不整合となり、エラーが発生します。

 

 

※問題が解決しない場合はこちらの記事を参考にPython環境のリセットを実施してください。

 

 

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